واعتبر شمخاني إجراء الاستفتاء بأنه سيخلق تهديدات جديدة قاسية ضد منطقة كردستان، وقال: فيما يقترب العراق بجهود وتضحيات شعبه بعربه وكرده وتركمانه و... من المرحلة النهائية من تطهير أراضيه من دنس الارهابيين التكفيريين، فإن هذه الاجراءات غير المبررة القانوني، من المؤكد ستترك آثارا سلبية على امن المنطقة والعراق وخاصة منطقة كردستان.
ولفت الى الدور المصيري والمؤثر والهام للكرد في الحكومة العراقية، وأكد ضرورة استمرار الاستفادة من هذه الفرصة في مسار تعزيز البنى الامنية والاقتصادية والسياسية في إقليم كردستان، وأضاف: إن الخروج على إجماع الدول المجاورة للعراق من خلال إجراء الاستفتاء في منطقة كردستان سيخلق ظروفا معقدة وصعبة لكردستان بعد الاستفتاء.
وبيّن ان الجمهورية الاسلامية الايرانية تواصل اجراءاتها ونشاطاتها السياسية والدبلوماسية من خلال الحوار القريب مع مسؤولي منطقة كردستان والحكومة العراقية ودول الجوار، مضيفا: ان ايران إنما تعترف رسميا فقط بالحكومة الفدرالية الموحدة في العراق.
وشدد ممثل الولي الفقيه على ان موقف ايران غير قابل للتغيير تجاه ضرورة صيانة وحدة العراق، محذرا من ان اي مساس بهذا المبدأ الاستراتيجي، سيؤدي الى أن تعيد ايران نظرها وتقوم بتغيير جاد في وتيرة التعاون مع اقليم كردستان.
ورأى ان مشروعية المنافذ الحدودية بين الجمهورية الاسلامية الايرانية ومنطقة كردستان العراق إنما هي ناجمة من وجود كردستان كجزء من العراق الموحد، وصرح: ان الاتفاقيات الحدودية قائمة فقط بمحورية الحكومة المركزية العراقية، وان انفصال منطقة كردستان عن الحكومة المركزية سيكون بمعنى إغلاق جميع المنافذ والممرات الحدودية المشتركة.
وفي جانب آخر من تصريحاته، أشار شمخاني الى وجود اتفاقيات عسكرية وآنية بين ايران ومنطقة كردستان العراق، ولفت الى ان انفصال كردستان عن التراب العراقي سيكون بمعنى إنهاء جميع هذه الاتفاقيات، وبعد ذلك وفي إطار ضمان أمن الحدود المشتركة ستعيد ايران النظر بجدية في تعاملها لمواجهة تواجد العناصر المناوئين للثورة ونشاطهم في مناطق من كردستان العراق، وستتعامل بأساليب تختلف تماما عن السابق.
وأكد امين المجلس الاعلى للامن القومي ضرورة استمرار الحوار لتسوية القضايا الموجودة وإعادة النظر في اتخاذ القرارات المتسرعة، وقال: مازالت الفرصة الكافية متاحة أمام مسؤولي كردستان العراق لتلبية الدعوات الخيرة التي تهدف لضمان مصالح المجتمع الكردي ودولة العراق والحيلولة دون تشكيل مسارات مزعزعة للامن في المنطقة.