وبعد أن أكمل سماحته المرحلة الابتدائيّة في هذه المدرسة، التحق بالدراسة المسائيّة في المدرسة الحكوميّة وحصل على الشهادة المتوسّطة. ثمَّ أنهى دراسته الثانويَّة خلال سنتين، وحصل على الشهادة الثانويَّة.

وأمّا في مجال العلوم الدينيَّة، فقد تحدَّث سماحة آية الله العظمى الخامنئيّ دام ظله عن ذلك، حيث يقول: "لقد كان والدي العامل الرئيسيّ في انتخابي طريق العلم النيّر والعلماء. ولقد شوّقني ورغّبني بذلك... فعندما شرعت بالدروس الدينيَّة، كان الفارق في العمر بيني وبين والدي شاسعًا (كان 45 سنة تمامًا)، إضافة إلى ذلك فقد كانت لوالدي مكانة علميَّة بارزة، وكانت لديه إجازة اجتهاد، وتخرّج على يديه الكثير من طلبة العلوم الدينيَّة في مستويات عالية. لذا لم يكن من المناسب وهو في هذه المكانة العظيمة أن يدرّسني وأنا في المرحلة الأولى من دراستي، ولم تكن لديه الرغبة ولا الصبر على ذلك. لكن نظرًا لاهتمامه بتربيتنا، فقد درّسني وأخي الأكبر ومن بعدنا درّس أخانا الأصغر، فحقّه عظيم علينا في مجال التدريس والتربية وخصوصًا عليّ, لأنّه لو لم يكن موجودًا لما وُفِّقنا في تحصيل الفقه والأصول.

وقبل ذهابي إلى قمّ، حضَّرت.علاوة على دراستي عند والدي. الدروس العامّة في مشهد. وفي العطلة الصيفيَّة كان والدي يضع لنا برنامجًا دراسيًّا ويباشر تدريسنا، ولهذا السبب لم يحصل توقُّف في دراستي خلافًا للّذين كانوا يدرسون في الحوزات العامّة والّتي كانت تعطّل في شهري محرّم وصفر وشهر رمضان المبارك وفي العطلة الصيفيَّة. فأنهيت دروس السطوح جميعها، وشرعت بالبحث الخارج وأنا في السادسة عشر من عمري.. إنّ لدعم والدي النصيب الأوفر في تقدّمي الدراسيّ، فبلغت فترة دراستي منذ اللحظة الأولى في طلبي العلم حتّى شروعي بحث الخارج خمس سنوات ونصفا، أي أنَّني أنهيت السطوح في خمس سنوات ونصف.

في عام (1957م) تشرّفت بزيارة العتبات المقدّسة، وكان جوّ حوزة النجف يشدّني للبقاء في ذلك المركز العلميّ، لهذا وددت البقاء بالنجف، وبقيت فترة قصيرة، لكنَّ والدي رفض بقائي هناك، فرجعت إلى مشهد.

وتوجّهت في عام (1958م) إلى قمّ بإذن من والدي، وبقيت هناك حتّى عام (1964م). لكن اضطررت في عام (1964م) إلى العودة إلى مشهد.لفقدان والدي بصره. رغم المخالفة الشديدة لبعض أساتذتي الكبار في قمّ".

وحضرت في مشهد درسًا آخر أيضًا وهو درس الفلسفة عند آية الله الميرزا جواد الطهراني. وكانت طريقته في التدريس كالتالي: كان يدرّس كتاب المنظومة، وينقل مطالب المرحوم الحاج "ملّا هادي السبزواري" ثمّ يفنّدها، فكان درسه في الحقيقة ردًّا على المنظومة، إلى أن قال لي أحد الأصدقاء الّذي درس الفلسفة في قمّ: إنّ هذا ليس بصحيح، وهو أن تحضر درس المنظومة عند الميرزا جواد وهو يردّ على المنظومة، لأنَّك بهذه الطريقة لا يمكنك تعلّم مفاهيم الحكمة، لذا يحسن أن تحضر عند من يعتقد بالحكمة، فقبلت كلامه هذا، وحضرت عند "الشيخ رضا ايسي" في مشهد، وكان عالمًا وفاضلًا وحكيمًا معتقدًا بالحكمة كثيرًا، فشرعت في درس المنظومة عنده، فكان يدرّس هذه المباحث برؤية معتقدة بالحكمة تمامًا.

 ثمّ ذهبت إلى النجف، وحضرت دروس الآيات الحكيم والخوئي والشاهرودي والميرزا باقر الزنجاني والمرحوم ميرزا حسن اليزدي والسيّد يحيى اليزدي وأيّ درس وجد في أيّ مكان، لكن من بين كلِّ هذه الدروس، ارتحت كثيرًا لدرس آية الله الحكيم وذلك لأسلوبه السلس وآرائه الفقهيّة المُتقنة، ودرس آية الله ميرزا حسن البجنوردي الذي كان يدرّس في مسجد الطوسي، فارتحت لدرسه كثيرًا. فقرّرت البقاء في النجف. كتبت رسالة إلى والدي أطلب منه الموافقة على ذلك, لكنَّ والدي لم يوافق. لهذا رجعت إلى مشهد. وبعد فترة توجّهت إلى قمّ. وهناك قرّرت الاطّلاع على جميع الدروس حتّى أحضر الدرس الذي يعجبني، فحضرت درس الإمام ومن بعده درس آية الله الحاج الشيخ مرتضى الحائري. والآخر درس آية الله العظمى البروجردي. ومن بين كلّ تلك الدروس كنت أُشارك في درس الأصول للإمام بصورة مستمرّة. واستفدت قليلًا في الفلسفة من بحوث الطباطبائي في الأسفار والشفاء".
 وقد حصل سماحته على رتبة الاجتهاد على يد أستاذه آية الله العظمى الحائري عام 1974م، بعد حضوره البحث الخارج أكثر من خمسة عشر عامًا. 

إشتغل سماحة آية الله العظمى الخامنئيّ دام ظله بالتأليف منذ عام 1963م. وله العديد من المؤَّلفات بعضها غير طبوع، نذكر منها:

 1- الاستفتاءات (مجلدان)..

 2- الإيمان.

 3- التوحيد.

 4- النبوّة.

 5- الإمامة.

 6- الولاية.

 7- بحث في الفكر الإسلاميّ.

 8- دروس في معرفة الإسلام.

 9- دروس في الفكر الإسلاميّ.

 10- الفهم الصحيح للإسلام.

 11- دروس في العقائد.

 12- تفسير القرآن.

 13- القرآن والعترة.

 14- دروس في القرآن.

 15- المشروع العام للفكر الإسلاميّ في القرآن.

 16- دروس في الحديث.

 17- قبس من نهج البلاغة.

18- عنصر الجهاد في حياة الأئمّة عليهم السلام.

 19- الهجرة.

 20- معرفة الإمام عليّ عليه السلام.

 21- آلام الإمام علي عليه السلام وآلامنا.

 22- الحياة السياسيَّة للإمام الصادق عليه السلام.

 23- الشخصية السياسيَّة للإمام الرضا عليه السلام.

 24- كتاب الجهاد (بحث الخارج لسماحته).

 25- الحكومة في الإسلام.

 26- دروس في الأخلاق.

 27- من أعماق الصلاة.

 28- بحث في الصبر.

 29- خصائص الإنسان المسلم.

 30- سؤال وجواب (5 مجلدات).

 31- أربعة كتب رجاليّة رئيسيّة.

 32- دور المسلمين في ثورة الهند.

 33- الفنّ الثامن.

 34- الفنّ عند قائد الثورة.

 35- بحث في الثأر.

 36- ترجمة تفسير في ظلال القرآن لسيّد قطب.

 37- ترجمة كتاب صلح الإمام الحسن عليه السلام.

38- ترجمة كتاب المستقبل لهذا الدين.

 39- ترجمة كتاب حكم ضد الحضارة الغربيّة.

 40- جهاد الإمام السجاد عليه السلام.

 41- بحث فقهيّ في الهدنة.

 42- بحث فقهيّ في حكم الصائبة.

 43- مناسك الحج.

 44- الكلمات القصار.

 45- الشيخ المفيد وهويّة التشيّع.

 46- العودة إلى نهج البلاغة.

والجدير ذكره أنَّ سماحة السيّد دام ظله يجيد عدّة لغات، ولديه إلمام واسع بالشعر والأدب.