كان مختار من قبيلة ثقيف ومن أهل الطائف، وهو أحد التابعين، واشترك في شبابه مع أبيه وأخوته في معركة الجسر. وقد اختلفت كلمة الباحثين والمؤرخين حول الغاية من ثورة المختار والمذهب الذي ينتمي إليه، حيث ذهب البعض إلى القول بأنّ ثورته كانت عن إذن من الإمام زين العابدين.

وهو المختار بن أبي عبيد بن مسعود بن عمرو بن عمير بن عوف بن عقدة بن غيرة بن عوف بن ثقيف الثقفي أبو إسحاق. لقب بكيسان، ونسبت إليه الفرقة الكيسانية،  وكيسان تعني الفطن والذكي. روي عن الأصبغ بن نباتة: قال: رأيت المختار على فخذ أمير المؤمنين وهو يمسح رأسه ويقول: يا كيس يا كيس.  وقيل لقب كيسان؛ لأن أمير المؤمنين كرر كلمة "كيس كيس" مرتين. وقيل إنما لقب بكيسان لصاحب شرطته المكنى أبا عمرة، وكان اسمه كيسان.

كان المختار من أهل الطائف وينتمي إلى قبيلة ثقيف وكان جدّه مسعود الثقفي من وجوه الحجازيين ويقال: إن مسعوداً جدّه هو عظيم القريتين،وكان والده أبو عبيد من كبار الصحابة اشترك في واقعة الجسر إحدى وقائع القادسية وقتل فيها وذلك في زمن الخليفة الثاني.

خرج المختار طالباً بثأر الإمام الحسين في الرابع عشر من ربيع الأول سنة 66 هـ  وكان يقول: والله لو قَتَلْتُ به- أي بالحسين- ثلثي قريش ما وفوا بأنملة من أنامله‏.

وقد تمكن في ثورته هذه من قتل كل من: شمر بن ذي الجوشن، خولي بن يزيد وعمر بن سعد، وقتل عبيد الله بن زياد، وكان ابن زياد بالشام فأقبل في جيش إلى العراق فسير إليه المختار إبراهيم بن الأشتر في جيش فلقيه في أعمال الموصل فقتل ابن زياد وغيره.

ولما بعث المختار برأس عبيد الله بن زياد وعمر بن سعد إلى محمد بن الحنفية لينصبهما في المسجد الحرام، كان محمد يأكل فقال: الحمد لله أتى ابن زياد برأس الحسين وهو يأكل و أتينا برأس ابن زياد ونحن على هذه الحالة.

خاض المختار خلال ثمانية عشر شهراً مواجهة عنيفة مع المروانيين في الشام والزبيريين في الحجاز ووجهاء الكوفة حتى قتل في 14 رمضان سنة 67 هـ وله من العمر 67 سنة. وقد أمر مصعب بن الزبير بقطع رأس المختار ونصبه على جدار مسجد الكوفة حتى ظهر الحجاج بن يوسف فأمر بإنزاله ودفنه.

وأمر مصعب بكفّ المختار فقطعت وسمرت بمسمار إلى جانب المسجد، فبقيت حتى قدم الحجّاج فنظر إليها وسأل عنها فقيل: هذه كفّ المختار، فأمر بنزعها.