ثم تعرض للإخفاء القسري والتعذيب، وأجبر على التوقيع على إعتراف، مما سبب له آلام وإصابات مزمنة. حكم على محمد بتهم مختلفة وأرسل إلى سجن المباحث في الرياض حيث بقي معتقلا حتى العام 2017، ومن ثم تم نقله إلى سجن الحائر في الرياض وانقطعت أخباره بعد ذلك ولم يسمح له بالاتصال بعائلته.

في 17 أبريل 2017، إعتقلت قوات شرطة المنطقة الشرقية محمد بشكل تعسفي على أحد حواجز التفتيش في العوامية في القطيف من دون إبراز سبب الإعتقال كما أنها لم تقدم مذكرة توقيف. بعد إختفائه لمدة ثلاثة أيام، علمت عائلته أنه تم إعتقاله فقط عندما حاصرت الدبابات والسيارات المسلحة بالرشاشات الحي بأكمله لمداهمة منزل محمد. تمت المداهمة بحضور محمد بينما كانت يداه ورجلاه مقيدتان بالسلاسل، ثم إقتيد إلى سجن المباحث في المنطقة الشرقية، حيث سمح له بأول زيارة تقريبا بين الشهر السابع والثامن من الاعتقال، وبدأت تنظم لاحقا زيارة شهرية واتصال اسبوعي. وبعد نقله إلى سجن المباحث في الرياض تم إستجوابه ومنع من الزيارة والاتصال وإختفى قسرا لمدة ثلاثة أشهر. وبعد نقله إلى سجن الحائر في الرياض انقطعت اخباره في الفترة الأولى ومن ثم سمح له بالزيارة المنتظمة الى ما قبل انتشار جائحة كورونا في البلاد حيث استغل النظام السعودي الوباء لمنع الزيارة بل حتى لمنع الاتصال لمدة تتراوح بين 3 اشهر وحتى 6 أشهر، وبعدها تم تقييد الزيارة بـ 3 أشخاص فقط باستثناء والديه الوالدين بذريعة كبر سنهما، وكان آخر زيارة لعائلته في 15 يوليو 2021.

أثناء التحقيق معه، تعرض محمد للتعذيب في كل من سجن المباحث في المنطقة الشرقية وسجن المباحث في الرياض من قبل إدارة السجون لمدة ستة أشهر. قام الضباط بضرب محمد وركله وصفعه على وجهه ورأسه ومناطق حساسة. كما تعرض للصعق بالكهرباء وجلدوه بأسلاك كهربائية وأجبروه على الوقوف وذراعاه مرفوعتان لساعات طويلة. ونتيجة للتعذيب، فقد محمد أسنانه وأصيب بكدمات وألم في ظهره وأضلاعه ورجليه وبطنه وكليتيه. وعلى الرغم من الإصابات المذكورة أعلاه، فقد حرم من مقابلة طبيب لأكثر من عام، وحرم حتى من الدواء بعد فحص الطبيب. أجبر محمد على الإعتراف بالتهم المنسوبة إليه تحت التعذيب الذي تعرض له، وإستخدم إعترافه لاحقا لإدانته في المحكمة. لم يتمكن محمد من مقابلة محاميه لمدة ستة أشهر بعد إعتقاله.

في 21 فبراير 2021، حكم على محمد بالقتل تعزيرا بموجب السلطة القضائية وحكم عليه بالسجن لمدة 80 عاما تقريبا بتهمة الإنضمام إلى “جماعة إرهابية مسلحة” دعيت باسم “حزب الله الحجاز” وتمويل الإرهاب والأنشطة الإرهابية والسعي إلى زعزعة النسيج الاجتماعي واللحمة الوطنية، من خلال المشاركة في المظاهرات والإحتجاجات وتشجيعها والتدريب على إستخدام القنابل اليدوية وحيازة الأسلحة ونشر المواد التي تهدف إلى زعزعة النظام العام. وعقدت جلسات إستئناف مختلفة، كان آخرها في 2 أغسطس 2021، حيث تم تأييد الحكم بالقتل تعزيرا بموجب السلطة القضائية، ورفعت القضية إلى المحكمة العليا. تعرض محمد لإنتهاكات المحاكمة العادلة حيث حرم من التواصل مع محاميه ولم يمنح الوقت والتسهيلات الكافية للتحضير للمحاكمة. من المهم أيضا ملاحظة أن السلطات أظهرت نمطا لإستهداف عائلة الشاخوري حيث أن ثلاثة من أفراد عائلة محمد معرضون أيضا لخطر الإعدام بسبب نشاطهم في الدعوة إلى إحترام حقوق الشيعة في المملكة العربية السعودية.

تتعارض معاملة السلطات السعودية لمحمد، من إعتقاله التعسفي، وإختفائه قسريا، وتعذيبه، وحرمانه من حقوق المحاكمة العادلة، مع الإعلان العالمي لحقوق الإنسان وتشكل إنتهاكات لإلتزامات المملكة العربية السعودية بموجب المعاهدات الدولية، وهي إتفاقية مناهضة التعذيب وغيره من ضروب المعاملة أو العقوبة القاسية أو اللاإنسانية أو المهينة (CAT) التي هي طرف فيها. تتعارض هذه المعاملة أيضا مع العهد الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية، والذي على الرغم من أن المملكة العربية السعودية ليست طرفا فيه، إلا أنه يشكل القانون الدولي العرفي.

لذلك، تحث منظمة أمريكيون من أجل الديمقراطية وحقوق الإنسان في البحرين السلطات السعودية على إلغاء حكم الإعدام الصادر بحق محمد لأنه تم التوصل إليه من خلال محاكمة غير عادلة وإعتراف قسري. علاوة على ذلك، تدعو منظمة أمريكيون من أجل الديمقراطية وحقوق الإنسان في البحرين السلطات السعودية إلى التحقيق في مزاعم التعذيب التي تعرض لها محمد ومحاسبة الجناة. كما تحث منظمة أمريكيون من أجل الديمقراطية وحقوق الإنسان في البحرين الحكومة السعودية على إنهاء التمييز والإضطهاد ضد نشطاء حقوق الإنسان الشيعة وأقاربهم.