وقد استُشهد (سلام الله عليه) بحسب ما رواه الشيخ عبّاس القمّي في كتابه -الأنوار البهيّة في تواريخ الحجج الإلهيّة-: استُشهد أبو جعفر محمد بن علي بن الحسين(عليهم السلام) في المدينة يوم الاثنين سابع ذي الحجّة سنة (114) أربع عشرة ومائة للهجرة وله سبعٌ وخمسون سنة.
قيل سمَّه ابراهيم بن الوليد بن عبد الملك، فتكون وفاته في أيّام هشام بن عبد الملك، وتولّى الإمامُ الصادق(عليه السلام) تجهيز جثمان أبيه (عليه السلام)، وبعد تشييعٍ حافل لم تشهد المدينة نظيراً له، جيء بجثمانه الطاهر إلى مقبرة البقيع في المدينة المنوّرة، فدُفن بجوار قبر عَمّ أبيه الإمام الحسن المجتبى(عليه السلام)، وبجوار قبر أبيه الإمام علي زين العابدين(عليه السلام)، وأوصى الى ابنه جعفر(عليه السلام) وأمره أن يكفّنه في بُردِهِ الذي كان يصلّي فيه يوم الجمعة، وأن يعمّمه بعمامته وأن يربّع قبره ويرفعه أربع أصابع، وأن يحلّ عنه أطماره عند دفنه.
ورُوي عن أبي عبد اللّه الصادق(عليه السلام) قال: كتب أبي في وصيّته، أن أكفّنه في ثلاثة أثواب أحدها رداء له حبرة، كان يصلّي فيه يوم الجمعة، وثوب آخر وقميص، فقلت لأبي: لِمَ تكتب هذا؟ فقال: أخاف أن يغلبك الناس وإن قالوا كفّنه في أربعة أو خمسة فلا تفعل، وعمّمني بعمامة، وليس تُعدّ العمامة من الكفن إنّما يُعدّ ما يُلفّ به الجسد.
وعنه (عليه السلام) أيضاً قال: قال لي أبي: يا جعفر أوقفْ لي من مالي كذا وكذا لنوادب تندبني عشر سنين بمنى، أيّام منى.
ورُوي أنّه أوصى بثمانمائة درهم لمأتمه، وكان يرى ذلك من السنّة، لأنّ رسول اللّه(صلّى الله عليه وآله) قال: اتّخذوا لآل جعفر طعاماً فقد شُغِلوا.
كان من أهمّ ما عنى به الإمام أبو جعفر(عليه السلام) نشر العلم وإذاعته بين الناس، وقد جهد على تربية جماعةٍ فغذّاهم بفقهه وعلومه، فكانوا من مراجع الفتيا في العالم الإسلاميّ ومن مفاخر هذه الأمّة، وقد عهد إلى ولده الإمام الصادق(عليه السلام) القيام بنفقاتهم ليتفرّغوا إلى تدوين الحديث الذي سمعوه منه، وتُعدّ الكوكبة من العلماء التي تخرّجت على يده من خيار أصحاب الأئمّة(عليه السلام) ومن عيون الفقهاء والعلماء، وقد أشاد بهم الإمام الصادق(عليه السلام) وفضّلهم على أصحابه، فقد خاطب أصحابه قائلاً: كان أصحاب أبي والله خيراً منكم، كان أصحاب أبي ورقاً لا شوك فيه، وأنتم اليوم شوكٌ لا ورق فيه.
وعلى أيّ حال فقد استمدّ العالمُ الإسلاميّ من الإمام جميع مقوّمات نهوضه وارتقائه، ولم يقتصر المدّ الثقافيّ الذي يستند إليه على عصره، وإنّما امتدّ الى سائر العصور التي تلت بعده، فقد تبلورت الحياة العلميّة وتطوّرت العلوم تطوّراً هائلاً ممّا ازدهرت به الحياة العلميّة في الإسلام.
إنّ الحياة الثقافيّة في الإسلام مدينةٌ لهذا الإمام العظيم، فهو الباعثُ والقائد لها على امتداد التأريخ.