ونفذ غولدشتاين المجزرة فجر يوم الجمعة الموافق 15 من رمضان عام 1414 هجري الـ25 من فبراير عام 1994 ميلادي، إذ دخل إلى المسجد في وقت الصلاة وهو يرتدي بزته العسكرية وأفرغ ثلاثة مخازن من بندقيته الرشاشة في المصلين الفلسطينيين وهم يؤدون صلاة الفجر.

وبعد استشهاد الـ29 مصليًا وإصابة أخرين انقض عدد من المصلين الناجين من المجزرة على غولدشطاين وقتلوه.

وأغلق جنود الاحتلال المتواجدون في المسجد أبوابه لمنع المصلين من الهرب، كما منعوا القادمين من خارجه للوصول إلى ساحته لإنقاذ الجرحى، وفي وقت لاحق استشهد آخرون برصاص جنود الاحتلال خارج المسجد وأثناء تشييع جنازات الشهداء زاد عدد الشهداء ليصل إلى 50 شهيدًا.

وفي اليوم نفسه تصاعد التوتر في مدينة الخليل وقراها وكافة المدن الفلسطينية، وبلغ عدد الشهداء الذين ارتقوا نتيجة المواجهات مع جنود الاحتلال إلى 60 شهيدًا.

وعلى إثر المجزرة أغلقت قوات الاحتلال المسجد الإبراهيمي والبلدة القديمة لمدة ستة أشهر كاملة بدعوى التحقيق في الجريمة، وشكّلت من طرف واحد لجنة تحقيق برئاسة رئيس المحكمة العليا الإسرائيلية القاضي "مئير شمغار" للتحقيق في المجزرة وأسبابها.

وخرجت اللجنة في حينه بعدة توصيات منها تقسيم المسجد الإبراهيمي إلى قسمين، وفرضت واقعًا احتلاليًا صعبًا على حياة المواطنين في البلدة القديمة، ووضعت حراسات مشددة في المنطقة.

وأعطت اللجنة للاحتلال الحق في السيادة على نحو 60% من المسجد بهدف تهويده والاستيلاء عليه، وتكرر منع الاحتلال رفع الآذان في المسجد مرات عديدة، كما أوصت بفتح المسجد كاملًا 10 أيام للمسلمين في السنة فقط، وفتحه 10 أخرى أمام اليهود.

وكان غولدشتاين أعلن قبل ارتكاب جريمته أنه "سيفعل فعلاً يوقف التاريخ"، في إشارة إلى "عملية التسوية" التي أطلقها "اتفاق أوسلو".

وكان الصهيوني المذكور يبلغ من العمر (42 عامًا) عند ارتكابه المجزرة وهو طبيب يهودي من مؤسسي حركة "كاخ" الارهابية، قدم من الولايات المتحدة الأميركية عام 1980، وسكن في مستوطنة "كريات أربع" المقامة على أراضي المواطنين في مدينة الخليل.

ويضم القسم المحتل حاليًا من المسجد: مقامات وقبور أنبياء، وشخصيات تاريخية، إضافة إلى صحن المسجد (المنطقة المكشوفة).

ووضعت قوات الاحتلال بعدها كاميرات وبوابات إلكترونية على كافة المداخل وأغلقت معظم الطرق المؤدية إليه في وجه المسلمين باستثناء بوابة واحدة عليها إجراءات أمنية مشددة، إضافة إلى إغلاق سوق الحسبة، وخاني الخليل، وشاهين، وشارعي الشهداء والسهلة وبهذه الإجراءات فصلت المدينة والبلدة القديمة عن محيطها حتى اليوم.

وتُعد مدينة الخليل التي يقع فيها المسجد الإبراهيمي أكبر مدن الضفة الغربية ويسكنها أكثر من 600 ألف فلسطيني، ويتغلغل الاستيطان في قلبها وداخل أحيائها العربية، وعزز من الواقع الاستيطاني فيها اتفاقية أوسلو التي وُقّعت قبل المجزرة بنحو خمسة أشهر، بالإضافة لممارسات الاحتلال بناء على توصيات لجنة "شمغار".