المتحف الوطني مقسم الى قسمين : القسم الاول "متحف الاثار الايرانية، عصور ما قبل التاريخ والتاريخ المعاصر"، والقسم الثاني "متحف الفنون والاثار الاسلامية الايرانية".
يضم القسم الاول "متحف الاثار الايرانية"، اثارا من العصور القديمة تبدأ بحسب المتخصصين من 2 مليون سنة قبل الميلاد الى سنة 651 ميلادي، صمم المتحف بشكل مستطيل، حيث يبدأ السائح بالتعرف على اثار تتعلق بالانسان القديم في العصر الحجري القديم، ثم اثار العصر الحجري الاوسط بفترة تقدر بدايتها منذ 250 الف سنة وانتهائها منذ 40 الف سنة قبل الميلاد، ثم العصر الحجري الجديد الذي يقدر بدايته منذ 40 الف سنة الى 20 الف سنة قبل الميلاد، ثم مرحلة ما بعد العصر الحجري التي امتدت ما بين 20 و12 الف سنة قبل الميلاد، الى بداية العصر الحجري الحديث الذي استمر ما بين 12 الى 9 الاف سنة قبل الميلاد، ثم بداية عصر الحجري الجديد مع اضافة الفخار عليه وبداية تشكل القرى والمدن عبر استقرار الانسان فيها ما بين 9000 و4500 سنة قبل الميلاد، بعدها دخول عصر النحاس والحجر، ثم بداية مرحلة حكومة العيلامية واختراع الخط والكتابة وبداية انتاج البرونز والتبادلات التجارية، الى عصر الحديد الاول والثاني والثالث الذي امتد من سنة 1500 الى 559 قبل الميلاد.
ومع انتهاء عصر الحديد، يتعرف السائح على اول امبراطورية وهي الاخمينية (هخامنشي) التي استمرت من سنة 559 الى 330 قبل الميلاد، ثم السلوقية (سلوكي) من سنة 330 الى 250 قبل الميلاد، الى الامبراطورية الاشكانية (حكومة اشكانيان)، التي امتدت ما بين 250 قبل الميلاد الى سنة 224 ميلادي، واخيرا الامبراطورية الساسانية التي استمرت من سنة 224 الى 651 ميلادي.
اما القسم الثاني وهو "متحف الفنون والاثار الاسلامية الايرانية"، فيضم اثارا للحكومات الاسلامية التي مرة بها ايران، ويضم المتحف عدة قاعات، وكل قاعة تتحدث عن فترة زمنية معينة، ومنها: المرحلة التيمورية، الصفوية،القاجارية، السلجوقية، ايلخاني، وقاعة صدر الاسلام والقران الكريم.
الحكومات الاسلامية التي مرة بها ايران هي حكومة: طاهريان(821-873 ميلادي)، صفاريان (867- 1002 ميلادي)، سامانيان (875-999 ميلادي)، آل زيار (928-1043 ميلادي)، آل بويه (934-989 ميلادي)، غزنويان(963-1050 ميلادي)، سلجوقيان (1037-1157 ميلادي)، خوارزمشاهيان (1097-1220 ميلادي)، ايلخانان (1256-1336 ميلادي)، تيموريان (1370-1506 ميلادي)، قراقويونلو (1380-1468 ميلادي)، آق قويونلو (1378-1508 ميلادي)، صفويان (1501-1722 ميلادي)، افشاريان (1736-1796 ميلادي)، زنديان (1750-1794 ميلادي)، قاجار (1789-1925 ميلادي)، بهلوي (1925-1979 ميلادي) واخيرا الجمهورية الاسلامية الايرانية (1979 الى يومنا هذا).