إلا أن نسبة المسلمين تقدر بمتوسط 94% ونسبة المسيحين بمتوسط 6% حتى تعداد 1986 حيث كان أخر إحصاء رسمي يذكر أعداد أتباع الديانات المختلفة في مصر

بالنسبة للدين الإسلامي يقدر أتباعه في (2009) حسب بعض المصادر بحوالي 94.6%. وأغلبهم من أهل السنة والجماعة وينتشر المذهب الشافعي والمذهب الاشعري والمذهب الحنفي في عموم مصر ومنهم من ينتمي لبعض طرق الصوفية كما ينتمى معظم الأزهريين من الشافعية إلى مدرسة الاشاعرة المتكلمين، كما يوجد مسلمون معتزلة وشيعة إمامية وإسماعيليون ولكن لا يوجد تعداد رسمي لهم.

بينما يقدر أعداد أتباع الديانة المسيحية بين حوالي 5.4% و6%، وفي سبتمبر 2012 وصل تعداد المسيحيين 5 ملايين و130 ألف وذاك طبقا للإحصاء الرسمي من الجهاز المركزي للتعبئة العامة والإحصاء، وينقسم المسيحيون بين 90% من الأرثوذكس، ومنهم كاثوليك وإنجيليون، كما يوجد رعايا للكنائس السريانية والرومية والأرمنية.

المؤسسات الدينية

توجد في مصر مؤسستان دينيتان من أقدم وأهم المؤسسات بالنسبة للدين الإسلامي التي تمثله كل منهما:

• الأزهر، الذي بناه الفاطميون لنشر المذهب الإسماعيلي في شمال أفريقيا، قبل أن يحوله صلاح الدين الأيوبي إلى جامعة سنية ليصير أحد أهم أعمدة الإسلام السني في العالم.
• دار الإفتاء التي تأسست عام 1895م والتي يترأسها مفتي الديار المصرية، ويتولّى هذا المنصب حاليًا الشيخ علي جمعة.
• الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، وهي إحدى أقدم الكنائس المسيحية في العالم وواحدة من الكنائس الخمس الأولى، وكنيسة الإسكندرية هي مقر الجالس على كرسي مار مرقس وهو بابا الإسكندرية وبطريارك الكرازة المرقسية، والبابا الحالي هو البابا تواضروس الثاني.